Los síntomas de la enfermedad celíaca pueden ser diferentes en un paciente u otro, lo que llega a dificultar y diferir su diagnóstico. pueden ser diferentes de una persona a otra. Los síntomas iniciales más característicos de la enfermedad celíaca son de índole gastrointestinal:
- Dolor y distensión abdominal.
- Estreñimiento.
- Diarrea (puede ser continua o intermitente).
- Alteraciones del apetito.
- Intolerancia a la lactosa.
- Vómitos y náuseas.
- Pérdida de peso sin causa justificada.
- Sangre en las heces o heces de aspecto grasiento u olor excesivo.

Con el tiempo hay otra serie de síntomas que comienzan a hacer aparición y que se deben al hecho de el intestino no absorbe gran parte de los nutrientes que aportan los alimentos:
- Fatiga.
- Ansiedad.
- Depresión.
- Formación de hematomas con facilidad.
- Caída del pelo.
- Dermatitis herpetiforme, con el subsiguiente prurito en la piel.
- Aparición de úlceras o llagas en la boca.
- Ausencia de menstruación.
- Convulsiones.
- Calambres musculares.
- Dolor en las articulaciones.
- Sangrar por la nariz.
- Hormigueo en manos o pies.
- Infertilidad.
- Aborto repetitivo.
- Osteopenia.
- Trastornos psiquiátricos.
Los niños con enfermedad celíaca pueden tener otros síntomas más específicos:
- Retraso del crecimiento.
- Cambio de color de los dientes con alteraciones del esmalte de las piezas dentales.
- Defectos en el esmalte dental y cambio de color en los dientes.
- Retraso en la pubertad y la menarquia.
- Irritabilidad.
- Desnutrición.
- Déficit de algunos nutrientes.
- Dolor abdominal recurrente.
- Diarrea, vómitos.
-
Vientre hinchado.