En la mayoría de los casos que definen la necesidad de una ortodoncia, ésta es suficiente para corregir los problemas dentales que generan la maloclusión o alteración de la mordida. Pero no sucede los mismo cuando los problemas oclusivos se deben a anomalías óseas estructurales de los maxilares, por ejemplo, una falta de simetría por diferencias en el tamaño de ambos. Es entonces cuando se hace necesaria la cirugía ortognática como tratamiento complementario a la ortodoncia.
En este caso el ortodoncista y el cirujano maxilofacial planifican conjuntamente el tratamiento completo que se requiere para lograr la perfecta alineación de los dientes y los maxilares. Lo habitual es que en primer lugar se lleve a cabo un tratamiento ortodóncico cuya duración puede ser de un año y medio o incluso más, valorando siempre la eventual necesidad de extraer las muelas del juicio. De este modo se puede lograr la alineación de los dientes de cada maxilar.

Sólo después se procede a realizar la cirugía ortognática, con el fin de alinear la mandíbula con relación al maxilar superior y de este modo restablecer la simetría de la cara. La recuperación de esta intervención se suele prolongar durante al menos un mes o incluso seis semanas, a lo largo del cual no se podrá abrir la boca para que los huesos se consoliden y también la remodelación de los mismos que se ha realizado. Por tanto, durante este tiempo la alimentación deberá ser a base de líquidos y no se podrá casi hablar.
Finalmente, después de la cirugía se iniciará un nuevo tratamiento de ortodoncia con el objetivo de lograr que finalmente la mordida sea lo más óptima posible. En este caso su duración es más corta y se limita a aproximadamente seis meses.