Como cualquier otra cirugía el bypass gástrico no está exenta de posibles complicaciones y riesgos que pueden incluso hacer necesaria la práctica de una segunda intervención quirúrgica o llegar a producir el fallecimiento del paciente. Se trata de una cirugía importante y al menos un 25% de las personas sometidas a esta técnica de adelgazamiento tienen complicaciones de mayor o menor severidad derivadas del acto quirúrgico.
Hay que tener en cuenta, además, que el nivel de riesgo de sufrir complicaciones tras una operación de bypass gástrico se incrementa en función del grado de obesidad y la coexistencia de patologías asociadas, como la diabetes tipo 2, la hipertensión arterial, afecciones cardiacas o dificultades respiratorias.
El tipo de complicaciones posibles es amplio:
- Reacción adversa a la anestesia.
- Sangrado excesivo durante y después de la intervención.
- Infección en las suturas internas o externas que realizan en la intervención.
- Fisura o rotura de la unión del nuevo estómago con el intestino delgado, resultado en la salida de material gástrico y generando la necesidad de entrar nuevamente en quirófano.
- Estreñimiento.
- Formación de trombos en las venas profundas de las piernas, que pueden alcanzar a los pulmones.

- Problemas respiratorios.
- El denominado síndrome de Dumping, que se caracteriza por continuas diarreas, náuseas y vómitos y que puede requerir el ingreso en el hospital para su control.
- No adelgazar a pesar de la dieta y el ejercicio físico.
- Formación de hernias abdominales.
- Reflujo gástrico.
- Cólico biliar.
- Hipoglucemia.
- Anemia por desnutrición.
-
Fallecimiento del paciente.
A esta lista de posibles complicaciones tras una operación de bypass gástrico hay que añadir también, en el caso de las mujeres, los riesgos para el feto si se produce un embarazo posterior a la cirugía, ya aumentan significativamente las posibilidades de que éste presente anomalías congénitas, generalmente como consecuencia de un déficit nutricional.
Finalmente, estudios recientes advierten sobre la posibilidad de que a largo plazo (10 años después de la intervención de bypass gástrico, se produzca una mielopatía, un trastorno neurológico que puede producir desde una pérdida de sensibilidad hasta la incapacidad para moverse.